Yuuchi Tate đã vô cùng vui sướng khi cậu đến học ở một trường mới. Tuy nhiên, ngay sau đó, cậu phát hiện ra rằng ngôi trường mới này của cậu thường xuyên bị tấn công bởi những sinh vật lạ được gọi là Orphan, và một đội đặc nhiệm của trường gồm những nữ sinh được gọi là HiME được lập ra để chống lại những sinh vật này. Và mọi chuyện vẫn chưa dừng ở đó, Yuuchi còn biết được rằng mình là “Key” của hai HiME trong khi mỗi HiME chí có thể có một Key. Và những rắc rối bắt đầu từ đây…